К счастью, развитие туризма не отразилось на экологии острова. Об этом говорит тот факт, что редкий вид черепах каретта-каретта продолжает приплывать сюда, чтобы вывести свое потомство, хотя и в меньших количествах, чем раньше. В прибрежных водах Закинфа водится тюлень monachus-monachus. Для охраны этих редких видов животных правительство Греции создало морской заповедник. По соображениям экологии запрещены даже ночные полеты самолетов над Закинфом.