Вернулась, и теперь сама могу ответить на свой вопрос
Вариантов, как оказалось, множество.
1. На станции метро Пирей - слева от главного входа (который со стороны порта), есть автоматические закрывающиеся ячейки.
2. Несколько агентств, продающих билеты, предоставляют услугу по хранению багажа в аналогичных ячейках. Цена вопроса - около 4 евро за 4 часа. Я видела такие агентства в районе выхода №6 (на противоположной от порта стороне улицы), непосредственно рядом с выходом №7. Дальше 7 выхода такого сервиса не встречала, но это не значит, что его нет.
3. Договориться с работниками парома, если он стоит в порту и ждет своего часа, бесплатно оставить вещи на пароме. Самый рискованный вариант, т.к. никто за этими сумками не смотрит, они просто лежат недалеко от входа. Ну и если опоздаете - ваш чемодан уедет без вас
Я рискнула, т.к. паром мой отправлялся аж от 9-го выхода и топать с чемоданом назад до метро и обратно (про 7-й выход я тогда не знала еще) мне совсем не хотелось. Чемодан был в порядке